广东省中医院病理科创立于1976年，是全国中医系统首批开展病理诊断的医院之一，经过几代人的努力，医院的病理科事业不断发展，至2005年基本形成了集医、教、研于一体，具有现代化、规范化的临床医技科室，是粤港澳病理联盟单位，亚专科发展齐全、分子诊断平台齐备。目前五个院区：大德路总院、二沙岛分院、芳村医院（广州市慈善医院）、珠海医院、大学城医院均设病理科并开展病理检查工作。 2022年各项医疗指标名列前茅，位居珠三角地区大医院的前列。全年发送各类报告总数达19万余份，蜡块数/切片数607828个，总工作量较去年增长6.7%；活检工作量再创新高，总活检例数103629。近五年取得院级医疗成果20余项，各类质控证书30余项，参与多学科的MDT活动与交流。连续11年被评为服务临床最好的医技科室。 病理科配备检测及诊断所需的国际先进技术设备（如病理质控与资料管理系统软件，细胞学ThinPrep5000处理器，全自动免疫组化染色仪，激光显微切割系统，数字切片扫描与远程会诊平台，全自动染色封片工作站，细胞学全自动制片快速组织处理仪，全自动冷冻切片机，十人共览显微镜，微滴式数字PCR仪，全自动核酸提纯及荧光PCR分析系统，3500DX基因分析仪，荧光定量PCR仪, BGI-SEQ500测序仪，Illumina NextSeq 500测序仪等）用以开展常规病理检测，分子病理检测及教学工作。现在的病理科拥有国际先进的多种自动化设备，设备资产总价值上亿元。有常规组织病理活检、冰冻、细胞学、特殊染色、免疫组化、分子诊断、数字病理远程会诊、科研服务等技术平台。